ภาวะแทรกซ้อนทั่วๆ ไปของโรคไข้หวัดใหญ่ ที่พบได้บ่อย ได้แก่ หูชั้นกลางอักเสบ ไซนัสอักเสบ หลอดลมอักเสบ ส่วนภาวะแทรกซ้อนรุนแรงที่พบได้มาก ได้แก่ โรคปอดอักเสบหรือปอดบวม ซึ่งโรคนี้จะยิ่งทวีความรุนแรงและเสี่ยงเพิ่มขึ้นในกลุ่มที่มีโรคประจำตัว เช่น ผู้ป่วยที่มีโรคปอดหรือถุงลมโป่งพอง   จะเสี่ยงเพิ่มขึ้น 100 เท่าเมื่อเทียบกับคนปกติ สำหรับผู้ป่วยที่มีโรคหัวใจ จะเสี่ยงเพิ่มขึ้น 50 เท่า และเสี่ยงเพิ่มขึ้น 5-10 เท่าในผู้ป่วยเบาหวาน เนื่องจากคนที่มีโรคประจำตัว มักมีภูมิคุ้มกันแปรปรวนทำให้ร่างกายไม่สามารถต่อสู้กับเชื้อโรคได้ดีเท่ากับคนปกติ ส่วนในกลุ่มหญิงตั้งครรภ์ ก็มีโอกาสเกิดไข้หวัดใหญ่ได้มากกว่าคนทั่วไปถึง 4 เท่า ซึ่งมักมีอาการรุนแรง และสามารถส่งผลต่อการตั้งครรภ์ได้ เช่น การคลอดก่อนกำหนด การแท้ง รวมทั้งอาจรุนแรงจนเสียชีวิตทั้งแม่และลูกได้ ส่วนภาวะแทรกซ้อนที่พบได้บ้าง ได้แก่ กล้ามเนื้อหัวใจอักเสบ ปลายประสาทอักเสบ และสมองอักเสบ ดังนั้นเพื่อความปลอดภัย ผู้ป่วยทุกคนไม่เฉพาะแต่ผู้ป่วยกลุ่มเสี่ยงเท่านั้น ควรรีบพบแพทย์เพื่อเข้ารับการรักษา